Аниме основано на хентайной интерактивной книге Tsukihime, повествующей о злоключениях "обычного" ученика старшей школы. Шики Тоно в детстве получил серьезную травму в результате автоаварии, по карайней мере ему так сказали, но он ничего не помнит об этом. Являясь старшим сыном влиятельно семьи Тоно, он мог бы стать ее главой, но из-за этого инцедента его здоровье сильно ухудшилось и парня просто отправили жить к далеким родственникам.
Аниме (и игра) начинается с того, что из особняка Тоно внезапно внезапно приходит письмо, говорящее Шики немедленно вернуться. Наш герой неохотно соглашается...
Дальше пересказывать не буду, так как это лучше посмотреть, а еще лучше поиграть в оригинальную игру, чтобы полностью влится в атмосферу "Лунной Принцессы".